Нынешнее помещение картинной галереи, расширенное при папе XI, насчитывает 15 залов с бесценными произведениями живописи, от ранней эпохи до 1700.
I Зал. Византийцы: "Страшный суд", работа Джованни и Николо XI века;
II Зал. Джотто и мастера его школы: прекрасный "Триптих Стефанески" из мастерской Джотто;
III Зал. Беато Анджелико, Ф. Липпи, Б. Гоццоли: "Жизнеописание Св. Николы" и "Мадонна с младенцем" Фра Анджелико;
IV Зал. Мелоццо да Форли: "Сикст IV" и "Музицирующие ангелы", фрагменты большой фрески;
V Зал. Второстепенные художники XV века: "Чудеса Сан Винченцо Феррери", "Пьета" (Лукас Кранах);
VI Зал. Триптихи: прекрасное произведение Кривелли "Мадонна с младенцем" (1482 г.);
VII Зал. Умбрийская школа живописи XV века. Среди прочих картины Перуджино и Пинтуриккио;
VIII Зал. Рафаэль: большая картина "Коронование Мадонны", написанная художником в двадцать лет, является одним из самых прекрасных произведений этого великого ученика Перуджино;
IX Зал. Леонардо да Винчи: незаконченная картина "Св. Иеремей";
X Зал. Тициан: "Мадонна ди Сан Николо дей Фрари".
В XI Зале находятся картины художников XVI века, в XII Зале- живопись XVII века; там же знаменитая картина Караваджо "Снятие с креста"; в XIII и XIV залах хранятся картины XVII и XVIII веков, а в последнем XV зале- портреты.
После осмотра Пинакотеки можно посетить Григорианский музеи языческих древностей, переведенный в Ватикан по воле папы Иоанна XXIII, в котором хранятся материалы римской эпохи с I по III век до н.э.
Музей Пия христианского искусства, основанный в XIX веке папой Пием IX, содержащий материал, найденный с катакомбах и древних христианских церквях. Миссионерский Этнологический музей, открытый в 1927 году, в котором представлены экспонаты, привезенные миссионерами из разных неевропейских стран, а также материалы Миссионерской выставки 1925 года.